对特定食物的不良反应（食物过敏）可以归类为食物不耐受（也就是身体和食物之间不适当的代谢或生化相互作用），或是食物过敏（过敏症）（也就是免疫介导的不良反应）。在犬和猫身上，食物过敏一般表现为强烈的搔痒性病变或肠胃功能紊乱。
许多基本的食物成分都是潜在的过敏原，但对犬和猫而言，牛奶蛋白质、牛肉、谷物和鱼尤其容易引起过敏。一旦怀疑宠物膳食过敏，可以设计饮食搭配来排除过敏原，其中只包含一种或两种蛋白质源，最好是宠物之前一个月内没有吃过的。假如喂食过敏原排除饮食后临床症状得到改善，就表示是食物过敏。如果恢复到原来的喂养方案临床症状便复发，就可以确诊。
其中部分配方使用鸡肉、羊肉、鹿肉、鸭或鲶鱼和大米作为唯一的蛋白质源。这些蛋白质源很少会引发犬和猫的食物过敏，并提供了不同的产品选择，以便为不同的个体提供最佳配方。此外，这些饮食也不含乳糖和小麦面筋。
精选蛋白饮食已成功在全球皮肤转诊诊所对犬和猫进行诊治，以便对多个食物过敏的案例进行长期治疗。英国最近的一项研究发现，宝路犬用精选蛋白饮食（鸡肉和米饭）对治疗犬的异位性皮炎具有显著作用，可以减少对缓解临床症状消炎药的使用。
