蛋白质是由“氨基酸”通过长链连接组成的大分子物质。自然界存在着各种各样的蛋白质，这些蛋白质都由各种氨基酸串成，就像是由不同珠子串成的珍珠。蛋白质的长链被酶分解为相应的氨基酸后在小肠中被吸收，起到诸如修复器官和组织、运载分子、在一个器官和另一个器官间传递信息、并帮助身体抵抗疾病等作用。
氨基酸是构成动物营养所需蛋白质的基本物质，不同的氨基酸对猫犬的健康有着不同的重要作用，下面罗列了一些常见氨基酸的功能：
| 氨基酸 | 作用 |
| 赖氨酸 | 所有蛋白质合成的重要氨基酸 |
| 蛋氨酸和半胱氨酸 | 毛发蛋白和角蛋白的重要组成部分 |
| 牛磺酸 | 抗氧化，可促进猫犬的视力及心脏的健康 |
| 精氨酸 | 是猫犬生长和产生尿素的重要氨基酸 |
| 苯基丙氨酸和酪氨酸 | 保证甲状腺和肾上腺的良好运作及毛发色泽 |
| 支链氨基酸（BCAA） | 是肌肉蛋白质合成的关键氨基酸，荷尔蒙的产生也需要色氨酸的参与 |
表：不同氨基酸在猫犬体内的作用
蛋白质的质量取决于蛋白质本身的消化率及氨基酸组成。食物中有些物质是不能够被消化和吸收的，其中的营养物质被机体吸收的效率就是消化率。蛋白质由必需和非必需氨基酸组成，其消化率一般在50%到95%不等。只有那些必需氨基酸配比合理、消化率高的蛋白质才算得上是高质量蛋白，如鸡蛋、牛奶等。宠物主人在为猫、犬准备日常饮食时，可参考下图为爱宠选择高质量蛋白。
图：“高蛋白质含量”的食物并不等同于高质量蛋白
