哈士奇的眼睛大多是蓝色的，当然除此之外也有褐色的，甚至有双瞳异色的。蓝色的眼睛，是西伯利亚偏西北方哈士奇的象征。简单来说就是在高纬度生活的哈士奇，其眼睛大多数都是蓝色，而低纬度生活的哈士奇，则没有发现这一现象。
目前还不知道哈士奇的蓝眼睛，是不是更有利于在高纬度地区生活，不过既然大多数族群都表现出了这一特征，那么就极有可能跟环境有关，正如大多数食肉动物都会进化出环境保护色一样，为的就是生存。
研究发现，出身于西伯利亚的哈士奇，其蓝色眼睛之谜却并非与毛发有关，而是有着更加复杂的原因，比如基因层面的关系，科学家猜测是某种突变导致了它的眼睛变蓝。
从基因研究上看，狗狗的棕色眼睛与蓝色眼睛之间的差别，问题就出现在ALX4基因上游的一个变异上面，哈士奇的这项基因突变，最终产生的影响是让眼睛黑色素合成减少，缺乏色素使得眼睛在反射光线的时候呈现了淡蓝色。也就说哈士奇的眼睛之所以呈现蓝色，是因为光线的进入以及反射的方式，使我们看起来像蓝色而已。
