胃肠功能紊乱是常见现象，且可以有多种形式。在大多数情况下，饮食调整可以成为疾病治疗的一个重要甚至必要组成部分。特定饮食疗法对治疗慢性疾病具有特殊价值，而治疗腹泻则要看具体病因而定。
显然，对不适当的饮食进行矫正有重要意义，但如果涉及其他因素，腹泻饮食疗法的总体目标应该是尽量减少饮食其对胃肠道的刺激。因为未吸收的分子会导致渗透或分泌性腹泻，营养成分必须以易于吸收的形式提供，从而减少肠道内未被吸收的分子数量。
在供能营养物质中，脂肪的消化和吸收是最复杂的，因此当胃肠道功能不佳时这一环节也是最脆弱的。就犬而言，限制饮食脂肪含量对治疗多种形式的急性和慢性腹泻都是合理的选择，尤其在胰腺外分泌功能不全（EPI）的情况下更能显出其优势。在这种情况下，由于脂肪酶不足，脂肪的消化也会受损；另外，小肠细菌过度生长（SIBO）也可能使状况复杂化，许多患有胰腺外分泌功能不全的犬都出现了这种情况。低脂肪饮食对初步稳定患有胰腺外分泌功能不全的犬的病情并进行长期治疗有积极功效。当与酶替代品结合使用时，低脂肪饮食的严格膳食制度能使患胰腺外分泌功能不全的犬所有的临床症状消退。初步稳定期后，酶替代品的需求量随着时间的推移大幅减少，长期来看能使治疗更经济合算。
犬特发性结肠炎（ICC）是一种炎症性大肠疾病，被认为是导致犬慢性腹泻最常见的原因之一。
虽然深层的病理原因目前还不清楚，但饮食对治疗病情确能起到重要作用。高度易消化、防过敏的饮食，在初期与柳代磺胺吡啶治疗结合使用，可以缓解患有慢性犬特发性结肠炎的犬的症状。随后，药物治疗逐渐减少，大多数情况只通过饮食治疗病情就能得到有效控制。
虽然在治疗犬特发性结肠炎时有时会提倡高纤维饮食，但与高纤维或低脂肪饮食的犬组进一步比较，则发现如果没有结合药物治疗的话，这些饮食都不能使同样的临床症状明显改善。
经验证，犬用的精选蛋白饮食也能够有效治疗一些和食物过敏相关的胃肠功能紊乱病症。在这项研究中，饮食疗法对80%患有非过敏性肠道不耐受的犬有临床效用。尽管有潜在的病变粘膜，出现这些临床效用可能是因为对较易消化成分的吸收效果有所提升，而不是因为对抗原的排除。
