提起查理王小猎犬的基因病，就想起遗传病：二尖瓣心脏病变，脊髓空洞症。说到脊髓空洞症，发病时简直把查尔士王小猎犬们折磨的痛不欲生。犯病时会痛苦的抽搐脊髓空洞症病症为头盖骨太小而装不下大脑，造成神经性损伤，后期任何轻微的头颈上的接触，甚至是项圈都会对它们造成巨大的痛苦。早期症状表现为幼犬在被接触头颈时会退缩。
因为狗狗的枕骨小（位于颅骨后部），导致它的脑脊髓也自由移动，想想都有点可怕。比较通俗一点的说法，就是狗狗的头盖骨过小，装不下它的大脑，就像你穿40码的鞋子，却要穿36码的去参加马拉松的痛苦。脊髓空洞症发作时，轻轻触碰到狗狗的头时，都会让它好像把硫酸倒进脑子一样痛苦。一些骑士查理王小猎犬症状比较轻，有些严重的每次发作，疼得直接打滚。三分之一以上的骑士查理王小猎犬，都患有这种遗传病。唯一治愈的方法就是做手术，但风险特别高，一些主人看狗狗如此痛苦，最后也痛心帮它们安乐死。
小型犬患上心脏病的几率都很高，不少狗狗就是因为心脏病去世，但很多主人以为只是自然老去。近一半的骑士查理王小猎犬，会在5岁后出现心脏杂音，如果主人没有发现的话，最后就会变成严重的心脏病。
