鳄龟卵较大，壳厚实，在自然条件下孵化期长达60天-80天，孵化率仅为85%左右，而采用人工孵化设施，孵化期可缩短到42天-48天，孵化率可以达到94%-98%。鳄龟与中国龟对比有生长快、出肉率高、产卵量多等特点。但鳄龟在管理和收集龟卵及孵化技术上有一定的要求。
首先用泡沫箱，箱底钻上漏水孔，然后铺上3厘米厚粗沙，再铺上2厘米厚中沙，最上层铺上2厘米厚细沙。把龟卵放在第三层细沙上，卵的白点动物极向上，每个卵间距3厘米，然后在卵上盖上3厘米厚细沙。在把装有龟卵的孵化箱移入孵化室，空气湿度最好控制在81%-85%之间，沙子含水量控制在手握成团，松手即散为度；温度控制在28-31度之间，最佳温度为30度，每天检查沙子湿度，如表面沙子发白，说明过干，可用喷水壶向沙子上面喷适量清水。有条件的可采用电子全自动恒温控温仪，保温在29-31度间，可提高孵出率，缩短孵化时间，提高经济效益。也可因地制宜，利用工厂余热、煤气、煤油灯、地热、沼气、太阳能等能源进行恒温孵化。
在鳄鱼龟卵孵化期间，主人还应该做好防震措施。龟卵在孵化出来第一个月属于高度敏感的阶段，在动龟卵的时候应小心轻放。不能随意翻动龟卵，一定要在每一个龟卵上做好标记，上下位置始终统一，不要轻易颠倒。因为此时胚胎尚未完全发育，所以尽量不要挪动，如需挪动，在运送的过程中尽可能的避免颠簸。
每年春秋季节，当水温22℃以上时，鳄龟就开始交配，从6月到9月是鳄龟产卵盛期，因此要注意收取龟卵。而在鳄鱼龟卵孵化期间，养殖者做好相关的孵化准备和工作，以保证鳄鱼龟卵孵化可能达到最高。
